CEDES fue fundado en 1975 como una organización civil sin fines de lucro, independiente y pluralista. Desarrolla actividades de investigación en ciencias sociales; formación de recursos humanos; y asistencia técnica. Su misión es fortalecer el desarrollo de la investigación y formar recursos humanos en investigación guiados por estándares de calidad y el compromiso de contribuir al debate social; al diseño, la implementación y la evaluación de políticas públicas; la formulación de marcos normativos; el fortalecimiento de la rendición de cuentas; y la incidencia informada. Su visión es contribuir al desarrollo económico y social, el fortalecimiento de la democracia, la promoción y garantía de los derechos humanos, la equidad social y de género y la preservación del medio ambiente.

CEDES se financia con los aportes de sus investigadores, el aporte institucional del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, y los ingresos provenientes de su Programa de Gestión, Monitoreo y Evaluación. Está organizado como una cooperativa en la cual los investigadores de planta asumen el compromiso de aportar un overhead mensual de carácter individual, cuyo monto varía conforme la categoría académica. Los investigadores con seniority y mayor antigüedad se hacen cargo de la contribución correspondiente a los investigadores más jóvenes y los becarios. La institución se rige por un escalafón que establece las categorías académicas de los investigadores de planta y ex planta.

CEDES tiene una conducción ejercida por el Director Mario Damill y está administrado por una Comisión Directiva compuesta por Presidente, Tesorero y Secretario. En la actualidad, esta Comisión está a cargo de Roberto Frenkel (Presidente), Leonardo Stanley (Tesorero) y Martín Rapetti (Secretario). La institución se rige por un estatuto elaborado conforme los lineamientos normativos que regulan las actividades de las organizaciones sin fines de lucro en la Argentina. La autoridad de contralor es la Inspección General de Justicia del Ministerio de Justicia de la Nación. El registro contable de la organización se realiza en base al criterio de devengado, tal como lo regula la legislación vigente para el caso particular de las asociaciones civiles sin fines de lucro.

CEDES fue reconocido como centro de excelencia por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de Argentina en el año 2001. Desde 2007 funciona como Unidad Asociada del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas – CONICET (Resolución 2486/07). En el año 2007 recibió la acreditación de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica como centro de investigación científica–tecnológica (Resolución 054/08), acreditación renovada en 2009 (Resolución 281/09), en 2012 (Resolución 037/12), en 2013 (Resolución 160/13), y en 2014 (Resolución 207/14). En el plano internacional, CEDES figura entre los think tanks más influyentes de Argentina y América Latina en todas las ediciones del Global Go To Think Tank Rankings elaborado por el Think Tank and Civil Society Program de la Universidad de Pensilvania.