Los programas con los que cuenta el CEDES son desarrollados por las áreas de trabajo dentro de las temáticas que les compete a cada una de ellas. El programa de Gerenciamiento, Monitoreo y Evaluación de Proyectos es el único programa que no es desarrollado por las áreas y su funcionamiento está centralizado, bajo la supervisión de la Dirección Ejecutiva del CEDES y el Área de Sociedad Civil y Desarrollo Social, en coordinación con el Área Contable.